建筑布局及装修方案是无尘室安全运行的一个基础。由于微生物病原体的危险性，有要防止危险微生物向外界传播。为了完全阻断危险微生物与外界环境接触的途径，同时防止微生物受到外界污染，影响实验结果的准确性，须采用合理的实验室布局和设备。
实验室布局按安全要求合理划分为洁净区、半污染区和污染区。它利用人、物建立通道，建立要的缓冲室，一次使用隔离、二次隔离等措施可有效避免交叉污染，从根本上防止危险微生物的传播。
(1)温度、湿度要求:温度一般为24±2℃，相对湿度55±5%。
(2)新风量大。由于此类车间人员较多，可按以下值选择以下较大的值:非单向流洁净室总送风量的10-30%;室内排风补偿维持房间正压值所需的新风量;确保房间内每人每小时的新风量≥40m3/h。
(3)控制系统:是整个室内安全运行的神经。由于测试对象是危险的微生物，严格污染控制的原则要求较少的维护人员，使用更优化的管理和维护方法，实时监控每个实验室设备的物理环境，以保证实验室在运行过程中，始终处于相对负压的环境中，防止危险微生物泄漏。
无尘室须保证人身、环境、废弃物、样品安全，并能长期安全运行。与此同时，它须提供良好的工作环境。
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